Wenn Du beide Drehrichtungen haben willst ist ein integrierter Motortreiber sicher keine schlechte Idee. Der L293D ist allerdings kein Kraftpaket. Ich weiss nicht wie die Angabe 400mA bei 5V zu verstehen ist. Ist das der Nennstrom oder Leerlaufstrom?
Wenn Du zwei Batterieblöcke hast, schalte sie nicht parallel sondern verwende einen nur für Controller und Logik und den anderen für Leistung (Motor). Damit bleibt die Logikspannung unabhängig vom Stromhunger des Motors.