Wie kann ich Flächen füllen, um die Ätzlösung zu schonen?
Gehe auf Poligon und ziehe es über die Platine. Danach kannst du es zum Beispiel als Masse-Fläche deklarieren ,in dem du auf Name gehst und dort GND schreibst.

...beiden Kondensatoren "irgendwo" parallel in einer Stichleitung verschaltet
Das kann doch gar nicht sein ,dass z.B. die Eingangspannung (12V) und die Ausgangsspannung (5V) zusammenliegen ???

Könntest du mal ein Layout und einen Schaltplan zeigen ???