Danke erstmal für die Antworten.

writeString_P_WIFI(" m5: "); writeInteger_WIFI(m5, DEC);
klar
Sowas packt man nicht in ISRs rein.
Die Ausgabe ist in dem Beispiel nur zur Kotrolle. In der ISR soll letztendlich nur die Variable (m5) gezählt werden (vorwärts erhöhen / rückwärts verringern), um so die relative Position des Gelenkes zu haben.
Ich habe mitlerweile herausgefunden, dass das Interrupthändling mit dem Befehl sei(), gestartet werden muß und mit cli(), beendet.
Die ISR muß nach dem sie abgearbeitet wurde mit reti abgeschlossen werden.
Du musst die ISRs vorher erstmal noch aktivieren in den passenden Registern sonst passiert sowieso nix.
s. ATMEGA2560 Datenblatt bzw. google AVR pcint
Und genau damit stelle ich mich zur Zeit etwas blöd an. Mal schauen was sich im Datenblatt findet.

Gruß Kai