du müsstest deine pwm-impulse glätten damit der lüfter besser läuft. dazu schaltest du einfach nen kondensator parallel, vielleicht so 10-100µF...
Wenn Du über eine Diode oder einen Schalter 12V anlegst, dann liegen 12V oder 11,4V an, wenn die Spannung dann geglättet wird, dann wird die PWM Regelung dadurch außer Funktion gesetzt.
Manfred