bis zu welcher spannung/ pwm-verhältnis pfeiffts denn? die meisten lüfter sind also bürstenlose motoren aufgebaut, d.h sie haben ne kleine ansteuerungsschaltung eingebaut. könnte sein dass die nicht mit deinem pwm-signal zurecht kommt. mit "normalem" gleichstrom liefen bei mir bis jetzt alle lüfter langsamer bei weniger spannung...

du müsstest deine pwm-impulse glätten damit der lüfter besser läuft. dazu schaltest du einfach nen kondensator parallel, vielleicht so 10-100µF...