Du brauchst den SS-Pin am Mega nicht, sofern dieser als Master arbeitet. Du brauchst lediglich einen freien IO um die Slave dazu zu bringen, auf den Bus zu hören. Sofern nur die eine RTC am Bus hängt und das Protokoll es zulässt, kannst du es auch probieren, in dem du CS der RTC fest auf GND legst. Das ist aber nicht umbeding betriebssicher.
Gruß Jannis