Schau Dir mal DIESE Grafik an -
Dort siehst Du die beim Atmega32 benötigten Pins für eine Programmierung per ISP.
Um aber den Atmega dann mit dem Bootloder beschreiben zu können, brauchst Du noch einen Programmer. Hier gibt es dann Diverse. Ich persönlich benutze einen mySmartUSB light und das passende Programm Myavrprogtool.
Es gibt aber etliche andere Programme wie auch Programmer - wie von Robotom schon erwähnt, kann man (sollte noch ein LPT Port vorhanden sein) auch fix ein Druckerkabel mit ein paar Widerständen versehen und dann zB. mit Ponnyprog einen AVR programmieren - diese Variante ist die günstigste.
HIER noch mal eine Anleitung für das brennen des Bootloaders.
Wenn der Bootloader dann auf dem Atmega ist brauchst Du einen Schnittstellenwandler für das übertragen deines eigentlichen Programms.
HIER mal ein Beispiel für so ein Modul.
Wenn Du dann die passenden Treiber für den von Dir gewählten Schnittstellenwandler installiert hast kannst Du den Atmega32 wie einen originalen Arduino beschreiben.