Ja, Resonanzprobleme hat man generell bei Schrittmotoren. Kann ich mich auch gut dran erinnern, wo ich damit mal so halbwegs im Praktikum zu tun hatte. Eine Möglichkeit zur Reduzierung soll ein mechanischer Dämpfer sein, allerdings würde das wohl auch die Leistungsfähigkeit des Motors herabsetzen. Von Frequenzumrichtern weiß ich jedenfalls, dass einige dem Anwender erlauben, Frequenzbereiche einzustellen, die dann von der Steuerung vermieden werden. Beim Beschleunigen könnte dann also ein kleiner Sprung sein, um nicht an eine Resonanzstelle zu geraten. Allerdings vermute ich, dass dieses Prinzip nicht so leicht auf Schrittmotoren übertragbar ist. Sonst googel einfach mal danach, vielleicht findest du so eine gute Lösung für dein Problem.