Aus deiner Konstruktion kann man leider nicht viel erkennen. Ich frag mich auch gerade, wo da dann dein Tisch hinkommt, bzw. dein Antrieb.

Ob ein Stahl Portal gut ist oder nicht, kann man so nicht sagen, es kommt immer auf die Konstruktion an. Am besten mal ein Paar Bilder hochladen, auch vom Rest der Fräse.
Ich kann dir nur sagen, die richtige Planung ist das wichtigste, nichts ist schlimmer als hinterher festzustellen, dass etwas nicht passt.

Was für ein CAD Programm du verwendest ist erstmal dir überlassen, wichtig ist, dass du damit klar kommst, es das kann, was du brauchst und du die Dateien des CAD Programms auch in g-code umwandeln kannst (entweder direkt aus dem CAD Programm heraus oder mit CAM programm).

Du kannst aber auch z.B. google Sketchup verwenden, und ein Plugin installieren, dass DXF exportieren kann (z.B. http://sketchucation.com/forums/viewtopic.php?t=40773 ) diese DXF dateien dann mit einem CAM Programm in g-code umwandeln z.B. CAMBAM (gibt es eine ältere kostenlose Version oder für 100€ kaufen, kannst aber auch die neuste Version 40mal öffnen und im vollen Umfang verwenden).

Mit dem ganzen bist du erstmal versorgt und es reicht für die ersten Bauteile.