Ok, NT ist groß genug.

Mach bitte mal von jedem Fenster ein Screenshot mit den Einstellungen. Ich denke das da irgendetwas nicht stimmt.

Verkabelung wäre evtl auch interessant, wobei die nichts besonderes sein wird. Aber vlt fällt irgendwas auf (fehlende Masse oder so).

Du hast auch gesagt, das du alle möglichen Timings getestet hast und es keine Änderung gebracht hat, wie hoch bist du gegangen, hast du auch die Standardwerte 5000 und 20000 verwendet?

Wenn Jitter ein Problem sein sollte, müsste im EMC eine Meldung unten links stehen, das dieser falsch ist. Aber selbst wenn der groß ist, sollte das verhalten nicht auf treten. Der Müsste dann wirklich im Millionen-Bereich liegen.

Hast du im BIOS des PCs die Energiespar Mechanismen, Soundkarte, ... Ausgeschaltet? könnte auch noch Fehler machen.

Zur Referenzfahrt noch mal kurz:
Hast du die Schalter Eingerichtet? Zumindest in Bild 3 Post #121 ist das Feld ausgegraut. Eigentlich müsste das einstellbar sein, wenn End-/Referenzschalter eingerichtet sind.