Führ nochmal den Timingtest aus um den max. Jitter zu ermitteln. Dabei machst du dann mal Firefox auf, kopierst wieder ein paar Daten, startest im Terminal mal das Programm glxgears und falls du ein Video drauf hast, lässt du das mal laufen.
Ich vermute dann wird der Jitter die 20.000 Marke knacken, so das du die Einstellung dort korrigieren musst.

Dein Fehler klingt nämlich so als ob die Schrittimpulse mal nur sehr verzögert ankommen, weil der Basethread zu spät ausgeführt wird.