Bestimmt ist es nicht gut wenn er komplett ein/ausgefahren ist und noch Strom auf der Leitung ist
Kurzzeitig (wenige Sekunden), mit längeren Abkühlpausen dazwischen sollte er das aushalten, dafür ist er ausgelegt. Zumal, wenn Du ihn nur mit 9V betreibst sollte das nicht bedenklich sein, die Bordnetzspannung liegt gewöhnlich zwischen 12-14 Volt.

Das einzige Problem was ich sehe ist, das er sich relativ leicht per Hand ein/ausfahren lässt wenn er stromlos ist.
Deshalb werde ich an meine Klappe zwei Magnete anbringen welche die Klappe in der offenen/geschlossenen Stellung fixieren.
Das wird bei der Zentralverriegelung im Prinzip auch so gemacht, mechanische Rasten, die die Mechanik in der Endstellung fixieren, sind normalerweise in der Schlossmechanik verbaut, nicht im Antrieb.