Ich weiß ja nicht ob dir das was hilft, aber ich flash bei "nicht-Arduino" Projekten mein MEGA2560 über AtmelStudio 6 und WinAVR. Aber das wird ja wahrscheinlich unter Linux seinen Dienst verweigern...

Warum flasht du eigentlich per ISP? Wegen einer anderen IDE oder wegen Treiberproblemen?

happy hohoho