Wenn du mit einem Transistor einen "richtigen" Kurzschluss erzeugen solltest (was in meinen Augen Blödsinn ist) dann wird auch das Programm welches in dem Controller ist der den Transistor ansteuert abbrechen und somit wird der Controller von vorne anfangen. So wie ich das verstehe wird der Controller wohl uber die gleiche Spannungsquelle versorgt?
Ich denke eher du willst mit dem Transistor irgendeinen Verbraucher wie eine LED oder eine Relais einschalten?
Einen "kurzen" wird der Transisitor wohl kaum verkraften, wegen der viel zu hohen verlustleitung der thermischen Tot erleiden. Hier findest du noch ein paar Infos:
http://www.elektroniktutor.de/an_verst/schalttr.html

Lade doch mal einen Schaltplan hoch damit wir dir helfen können.

Nichts für ungut und viele Grüße
Neutro