Bei so schnellen Flanken kommt es bei der Masseführung nicht nur auf den Widerstand der Leiterbahnen an, sondern vor allem auf die Induktivität. Da hilft dann einen Verstärkung der Leiterbahnen wenig, sondern nur ein passendes Layout und ggf. etwas breitere Bahnen. Bei den Frequenzen ist auch nicht Kondensator nicht gleich Kondensator - insbesondere die 4,7 µF Elkos an der 15 V Spannung sollten eher Keramik Kondensatoren sein, oder noch welche parallel haben.

Auch wenn das hier eher nicht die Ursache für die Störungen sind gibt es da noch ein paar kleine Punkte in der Schaltung: Für die Treiber wäre ein 74HCT244 besser als 74ACT244 - einfach weil die nicht unnötig schnell sind, und damit weniger Störungen verursachen. Die Kondensatoren C11,C12,C13 sind reichlich klein - da sollte man eher mehr Filtern, so hohen Frequenzen interessieren eher nicht. Die gewählten Dioden an den MOSFETs sind keine große Hilfe: das sind 1 A Dioden parallel zum 140 A MOSFET, und nur unwesentlich schneller. Wenn überhaupt müssten da schon größere Schottkydioden hin, damit es was bringt.

Die Störungen sind eher eine Frage des Layouts, nicht des Schaltplans. Je nach Layout wären noch ein paar mehr Kondensatoren an der 12 V Versorgung hilfreich, z.B. für jede Halbbrücke einen. Der kritische Punkt ist vermutlich die Masse - die Gate Treiber und die MOSFETs sollten eher nicht an verschiedener Masse hängen.