Im Grunde kommt es darauf an, wie schnell deine Steuerung/Regelung reagieren soll und wie empfindlich deine Ohren sind. Je höher die PWM-Frequenz, desto fieser der Pfeifton (ab irgendeiner Frequenz hört man den aber auch nicht mehr) und desto schneller kann dein Motor reagieren. Ist das nicht so wichtig, dann kannst du dir eine Frequenz nach belieben aussuchen. Sie sollte nur nicht so gering sein, dass der Motor anfängt zu zittern, aber meistens sind die eigentlich hoch genug.