Hey,
Pull-Ups kannst du nur aktivieren wenn der Pin als Eingang geschaltet ist. Wenn du die unbeschalteten Pins nicht als Eingang deklarierst bringen auch die internen Pull-Up Widerstände nichts
Die Pins müssen nicht immer 5V führen wenn sie nicht benutzt werden, da sie einen undefinierten Zustand haben.
Du musst sie erst konfigurieren, damit sie entweder sicher einen High oder einen Low Pegel haben.
Fuses hast du auch nachgeguckt? Nicht das irgendwo ein falsches Fusebit gesetzt ist und er deswegen a) zu langsam taktet oder b) die Pins nicht verwenden kann (JTAG oder sowas z.B.).
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