...eigentlich nicht sorry.

Du solltest erst mal versuchen eine LED (einen Ausgang) per Interrupt blinken zu lassen. Dazu würde ich mir im Datenblatt deines µC das Kapitel zu den Timer-Interrupts durchlesen und mithilfe der Beispiele dort den Interrupt so implementieren, dass er ca. jede Sekunde aufgerufen wird.
Wenn dies passiert ist und läuft kannst du die Interrupt-Routine so erweitern, dass der Ausgang der LED an- und abgeschaltet wird, jeweils abwechselnd nach jedem Aufruf.

Die Erweiterung und Anpassung an dein Programm ist dann nur noch ein kleines Stück.