Das ist genau, dass was du suchst. Du unterbrichst kurz dein Hauptprogramm, um die LED im Interrupt ein- oder auszuschalten und kehrst dann wieder dorthin zurück. Das ganze verlassen und zurückkehren übernimmt dabei der µC für dich.

Das Stichwort Timer-Interrupt hilft dir weiter. In den Datenblättern der µC findest du dazu genügend Beispiele. Einfach einen Timer-Interrupt einrichten, der mit deiner gewünschten Blink-Frequenz aufgerufen wird (ich würde sagen ca. jede Sekunde)

Im Prinzip setzt du eine Variable, ob es blinken soll oder nicht, je nachdem welches Byte in deinem Hauptprogramm empfangen wurde.
Im Interrupt prüfst du dann diese Variable und schaltest dort die LED an oder aus.
Das Hin- und Hergespringe dabei übernimmt wie gesagt der µC.