Vielleicht sollte ich noch besser erläutern warum ich meine, dass Mikroschritt für Dich das richtige ist:

Wenn Du Deinen Motor auf niedrigen bis mittleren Drehzahlen ansteuerst dann kommt die Schrittumschaltung im Vollschritt recht plötzlich (bei hohen Drehzahlen ist der Stromanstieg im Schritt durch die induktive Wirkung der Spule begrenzt). Der Läufer wird also abrupt in eine neue Sollposition gezwungen. Durch seine Schwungmasse wird der Läufer die neue Position mechanisch erst etwas überschwingen und sich dann - mehrfach hin-und herschwingend - in der neuen Lage einpendeln. Dieses Pendeln ist umso ausgeprägter, je weniger mechanische Reibung im System steckt.
Probleme macht der Effekt bei bestimmten Ansteuerfrequenzen, nämlich dann, wenn der nächste Schrittbefehl gerade dann kommt, wenn der Läufer nach einem Überschwinger wieder zurückgependelt ist und sich wieder in "Solldrehrichtung" auf den Sollwinkel einpendelt. Kommt in diesem Moment der nächste Schritt, dann kann sich diese Einschwingerei soweit aufschaukeln dass einer der nächsten Schritte überlaufen wird.

Die kritischen Frequenzen sind (Motor-)bauartbedingt und können durch zusätzliche, drehsteif angebrachte Schwungmassen erniedrigt werden (das hast Du ja selbst schon bei Deinen anderen Achsen als wirksames Hilfsmittel verwendet). Mechanische Systeme mit geringer Reibung haben schlechtere Chancen Pendelschwingungen abzubauen, damit sind Trapezspindeln meistens unkritischer als Kugelumlauf.

Zu Deiner Frage: je krasser, desto weniger Probleme sind zu erwarten. Das Problem entsteht durch das ruppige Umschalten zwischen den Schritten und wäre bei einer Sinusansteuerung ganz verschwunden. Ehrlich gesagt fehlt mir da die Erfahrung um kompetenten Rat zu geben. Ich habe allerdings festgestellt dass man bei Übergang von Vollschritt auf Halbschritt keine Wunder erwarten darf. Es muss offensichtlich noch deutlich feiner gemacht werden.