Bei der Einstellung des Nativ-Treiber steht bei Clock 125000, das ist die Taktfrequenz, die ist OK.
Die Kondensatoren beim Spannungsregler sollten so nahe wie möglich beim Spannungsregler sein.
Die Kondensatoren beim µC so nahe wie möglich bei VCC und AVCC sein. Der Stromanstiegszeit bei jedem Takt ist entsprechend der Taktfrequenz des Kontroller, daher entsprechend kurz.
Bei diesen Frequenzen beginnt daher auch schon die Länge der Leiterbahn eine Rolle zu spielen.
AREF sollte man nicht an VCC legen. Wenn der ADC nicht benötigt wird offen lassen oder über 100n an GND legen.
Das alles sollte aber bei deinem Problem keine große Rolle spielen, würde ich aber trotzdem nachholen um jegliche Fehlermöglichkeit auszuschließen.
Du solltest schrittweise vorgehen.
Wie ist Stromversorgung am Programmer eingestellt,
Alle Spannungen am IC messen, auch Reset.
Programmierfenster öffnen, Meldungen lesen.
Chip identifizieren, Meldungen lesen.
Programmieren drücken, Meldungen lesen.

Nachtrag: Für nachträglich dazu kommende Kondensatoren nehme ich gerne SMD 0804, die passen gut zwischen die Pin.