Zur Motoransteuerung kann ich dir vorweg ein paar Infos geben, da ich mich jetzt selbst einige Zeit mit der gespielt habe.

Du brauchst auf jeden fall 6 Signalleitungen, von denen 2 PWM und 4 digital (ein, aus) sind. Mit denen steuerst du dann direkt die Motoren an.
Deinen Controller betreibst du ja nehm ich an mit entweder 5V oder 3,3V, wie das halt so üblich ist. Da du die Motoren aber auch mit weit höherer Spannung (ich glaub 36V maximal waren das) betreiben kannst, ist hier ein extra Anschluss am Motortreiber vorhanden. Wenn du die Motoren aber mit der Controllerspannung betreiben möchtest, schließt du die VCC und die VMOT einfach zusammen.
Es wird zwar dringend empfohlen für die Motorspannung eine eigene Energiequelle zu verwenden (also eigene Batterie), ich hab das jedoch aus Platzgründen und zu Testzwecken jetzt mal über die gleiche Spannungsquelle laufen lassen und es funktioniert problemlos.

Außerdem hast du noch den Standby-Pin, über den kannst du, wenn du das möchtest, den Motortreiber komplett ausschalten. Soll heißen, wenn der Standby aktiv ist dann reagieren die Motoren auch dann nicht, wenn du ein Signal an den Motortreiber sendest. Du kannst in dem Fall also die 6 Signalleitungen die sonst die Motoren ansprechen für etwas anderes Nutzen, solange sich dein Roboter nicht bewegt.
Wenn du den Standby nicht nutzen willst, schließt du den Standby-Pin einfach mit einem 1k Ohm Widerstand an die VCC, schon ist der Standby dauerhaft deaktiviert.


Zum Festhalten der Punkte auf deiner (rechteckigen?) Testfläche sehe ich mehrere Möglichkeiten.

1.) könntest du eine Matrix für die Testfläche eintragen die dann jedem Bereich (10x10cm oder noch kleiner) eine 0 zuordnet wenn hier kein Punkt ist, eine 1 Für den Startpunkt, eine 2 für Wegpunkt und eine 3 für Zielpunkt. Problem dabei ist halt, das eventuelle Ungenauigkeiten im Abfahren der Fläche sich aufsummieren könnten und die 1, 2, 3 dann eventuell um Kästchen "verrutscht" und dann nicht richtig gespeichert wird. Könnte aber eventuell ein erster Ansatzpunkt sein um den Roboter mal ungefähr in die richtige Gegend zu bekommen und dort dann den Punkt zu suchen.

2.) könntest du an den entsprechenden Punkten so eine Art kleiner "Wegmarken" abladen, eventuell eine leuchtende LED an einer Batterie oder ähnliches. Wenn du dann am Punkt 1 (grünes lämpchen) Stehst, dreht sich der Roboter (oder einen Sensor) und sucht den Wegpunkt 2 (rotes lämpchen) und fahrt dann dort hin, an Wegpunkt 2 sucht er dann entsprechend das nächste Lämpchen und so weiter.

3.) könntest du an jedem Wegpunkt (beim erstmaligen Auffinden) eine entsprechende Lage anhand von Referenzpunkten merken. Stichwort hierfür wäre dann wohl Triangulation.

Es gibt sicher noch mehr Möglichkeiten die mir jetzt nicht sofort einfallen.
Auf jeden fall bräuchtest du für jede dieser Methoden noch weitere Sensoren an deinem Bot.