Das an den ICSP Leitungen noch die PWM Treiber dran hängen ist eigentlich kein Problem - beim Programmieren liegt dann halt das Signal auch an den 2 FETs an, der entsprechende Lüfter kann sich also drehen, ggf. mit nicht definierter Drehzahl. Schlimmstenfalls muss man den Lüfter abziehen, oder hat die 12 V nicht dran.

Das mit alles auf einer Seite ist nicht so kritisch - ganz normale Sockel, und verlöten auf der Gegenseite geht. Die Leitungen von der Versorgung zu den Entkoppelkondensatoren sollte aber schon kurz sein. Das sieht so weit gut aus - die 3.3 V Leitung könnte aber ruhig etwas dicker sein, nicht wegen des Widerstandes, sondern der Induktivität der Leitung. Auch sind dann Fehler weniger wahrscheinlich.

Bei den Ausgangsstufen ist die Position der Shottkydiode noch nicht ideal, besser wäre die Diode horizontal, so dass der GND Anschluss der Diode dicht beim Kondensator (100 nF, z.B. C3, C4 ,...) ist. Im Idealfall sollten die Leitungen von Source zum Kondensator und zum Widerstand (Gate-Source) getrennt sein, und sich erst am Pin Treffen - das ist hier vermutlich nicht unbedingt nötig, gibt aber weniger Störungen. Die lange horizontale Leitung für die 12 V könnte ggf. noch ein Brücke gebrauchen, die GND oben und unten verbindet. Man muss die Brücke nicht gleich bestücken, das wäre aber eine Option wenn es Störungen gibt, ggf. auch als SMD, also auch ohne Änderung am Layout. GND ist doch schon recht zerteilt und keine richtig zusammenhängende GND Fläche mehr.

Die 12 V Schiene sollte auch noch einen Elko haben, oder wenigstens einen Überspannungsschutz (z.B. 20 V), denn wenn im Betrieb die 12 V Versorgung abgezogen wird, könnte die Induktionsspannung aus den Spulen da ein höhere Spannung erzeugen.