Ich vermute, Bascom sendet die Daten über einen Sendepuffer der irgendwann mal voll wird. Ab diesem Zeitpunkt wird dann in der ISR gewartet und der impulsgebende µC ist nicht mehr synchron. Das könnte man etwa so überprüfen:

Print "Timer1= " ; Str(timer1) ; "Timer0= " ; Str(timer0) ; "dummytext"

Mehr Text bedeutet Puffer ist schneller voll.

Wie sieht denn die Ausgabe der verbesserten Variante aus?