Ich benutze übrigens den avrdude um die compilierte Datei auf den Controller zu übertragen.

Der Aufruf sieht wie folgt aus:

set CONTROLLER=atmega32
avrdude -p %CONTROLLER% -P COM1 -b 115200 -c AVR910 -e -U flash:w:"%TARGET%.bin"

Jemand ne Idee?