Ich denke, das das gar nicht funktionieren wird, da immer wieder ein IGBT nach dem anderen durchschlagen wird, da nicht alle Transistoren absolut gleiche Werte haben.
Ich würde versuchen die PWM primärseitig am Trafo einzubauen und mit der Frequenz hoch zu gehen, sofern der Hochspannungstrafo das erlaubt.
Dadurch kann die Siebung auf der Sekundärseite kleiner ausfallen und die Flanken der PWM könnten dann steiler werden.