Keine Angst, Du musst Dich überhaupt nicht mit Makefiles auskennen, um den RP6 programmieren zu können
Ich selbst nutze AVR Studio 5/6 schon recht lange und hatte sowohl mit als auch ohne Makefiles nie Probleme damit (wieso auch, ist schließlich nur eine IDE).
Dein Projekt habe ich mir nur kurz angesehen, folgendes ist mir aufgefallen:
Dein Projekt enthält folgende Dateien:
- RP6Control.h
- RP6ControlLib.cpp
- RP6ControlLib.h
Es geht um ein Programm für die RP6 Base, da haben die nichts im Projektverzeichnis zu suchen Diese Dateien sind für die M32-Erweiterungsplatine gedacht.

Wieso nutzt Du eigene Delay-Funktionen? Die RP6 Lib hat eigene Delay-Funktionen, die am Anfang (und auch später) vollkommen reichen sollten.

Du hast Teile der Lib verändert (vor allem die Includes, das geht so nicht). Nimm wieder die Originale, das wirft viele der Fehler raus. Lies Dir auch noch einmal ein Tutorial über Includes und Include-Guards durch.

In der "RP6 Ultrasonic (SRF02).cpp" inkludierst Du (ohne die defines aussen rum) #include "RP6RobotBaseLib.h" und #include "RP6I2CmasterTWI.h" und benennst die Datei in "RP6 Ultrasonic (SRF02).c" um,
sonst wirst Du Probleme kriegen.

Nach diesen Änderungen wurde das Programm bei mir fehlerfrei kompiliert.

Hoffe das hilft Dir

- Max