Der Kondensator kommt relativ dicht an die Schrittmotorsteurung (VCC(für die Motoren) und GND an + und - des Elkos). Dabei sicher stellen, dass die Verbindung nicht versehentlich getrennt wird, also da besser keine Steckverbinder und auf gute Lötstellen achten.

Ob die Versorgung vom Netzteil dann erst zum Elko oder erst zum Treiber geht ist egal.