Hall Sensor:
Ich würde auch versuchen einen Hall Effekt Sensor zu verwenden.
Leider hat dieser Sensortyp auch ein paar Nachteile.
1. Nach einem starken Stromimpuls kann eine kleine Remanenz zurückbleiben. Der Nullpunkt verschiebt sich also.
2. Dieser Sensortyp hat ein nicht unerhebliches Rauschen, das man herausfiltern sollte.
3. der Sensor ragiert auf externe Magnetfelder, also weg von den Motoren.

Die Vorteile sind, kleiner Durchlasswiderstand, galvanische Trennung von Messkreis und Leistungskreis.

Der A/D Wandler eines AVR Controllers hat 1024 Stufen. Es sind theoretisch also etwa 0,1% Genauigkeit vom Endwert her möglich.
Leider hat der A/D Wandler Nichtlinearitäten und kleine Fehler bei den LSB Bits. Auch auf die Qualität der externen Spannungsreferenz - die ich hierbei nutzen würde - hat Einfluss auf die Präzision.

Ich hab mal bei einem Projekt 2 A/D Wandler verwendet. Einer bekam ein um den Faktor 10 verstärktes Signal für die kleineren Ströme, der Andere das unverstärkte Signal. Zuerst wurde der unverstärkte Zweig ausgelesen. War der Wert unter einem bestimmten Schwellwert wurde der Wert des verstärkten Zweiges verwendet. Der vermeitliche Auflösungsgewinn ging allerdings im Rauschen des Sensors unter. Ich hatte allerdings noch die alten ACS750 verwendet.

In meinem neuesten Projekt hab ich einen AD7683 verplant. Das ist ein 16 Bit A/D Wandler mit SPI Schnittstelle. Ist aber auch nicht ganz billig das Teil.

50mA Auflösung bei einem 50A Sensor halte ich für etwas unrealistisch. Das ist immerhin ein Faktor von 1000/1. Bei 100 bis 200mA wird wohl eher die Wahrheit liegen.

Ein Nullabgleich beim Start des Systems wäre sicher auch eine gute Idee.

Shunt Lösung:
Es gibt auch fertige Shunts, die in 48 bzw. 60V Stromversorgungsanlagen verwendet werden.
Das Teil sieht aber eher nach einem Metallstab aus, als nach einem Widerstand.
Wenn Du die Messelektronik galvanisch von der Leistungsstufe trennst ist es dann auch egal, ob Du den Widerstand in der + oder in der - Leitung einbaust.
Präzise Shunts in diesem Leistungsbereich sind aber auch ganz schön teuer.