Hallo
Habe etwas ziemlich ähnliches auch mit AT32UC3.... und Funkmodul vor. Habe mich bereits ein bisschen eingelesen, jedoch noch nichts konkret gezeichnet.
1. Nimm für die 3.3 Volt einen Spannungsregler der aus den 5 Volt die 3.3 macht. Dann hat der ein VDDOUT, da kommen die 1,8 V für den core raus. Kannst die direkt Verbinden und mit einem C abstützen (ist im Datenblatt aufgezeigt) Eventuell die Schaltung eines Evalboards von Atmel mit dem AT32 anschauen.
2. Quartz wird bei den Schaltungen von Atmel immer ein 12 MHz genommen. Der (die) PLL macht dann der rest
3. Antennen kann ich nichts dazu sagen, aber je mehr dB-Verstärkung die habend desto besser die Übertragung. Ich werde in meinem Projekt zwei laird 2.4 GHz Module nehmen, kommen auf >1km und sind noch günstiger.
4. Kondensatoren (0.1uF, keramik) so nahe an den Versorgungspins wie möglich sind wichtig!

Gruzz