Zu 1:

Schau mal Figure 5-1 im Kapitel 5.6.1 in http://www.atmel.com/Images/doc32059.pdf an. Der Kontroller hat ein 1.8 V Spannungsregler an bord. In Figure 5-2 siehst du auch die Entkopplung mit den C's

2.
Mit dem PLL kann man verschiedene Frequenzen einstellen. Der braucht nur ein Quarz auf einer kleineren Frequenz und kann die je nach Einstellung erhöhen. Im AVR Studio 5 hats viele Beispielprogramme wo man das sieht!
ATMegas und co haben kein PLL, dort läuft der Kontroller mit der Frequenz die du dort anlegst.

4. Okay. Vielleicht zeigst du hier am Schluss nochmals dein Layout....