Sollte der Motor bei niedriger Drehzahl lieber mit 5,3V betrieben werden?
Das könnte man machen, aber bei höheren Drehzahlen geht der Strom automatisch zurück, dann ist es besser man hat eine höhere Spannung zur Verfügung. Wenn man auch höhere Drehzahlen haben will ist das also nicht sehr praktisch.

Wie kann ich denn den Strangstrom begrenzen?
Wenn man die beiden "Sense" Pins nicht direkt mit Masse, sondern über einen kleinen Widerstand ( z.B. 0,1 Ohm) mit Masse verbindet kann man an den Pins eine Spannung abgreifen, die proportional zum Strangstrom ist (also bei 0,1 Ohm, 1A wären es 0,1 V).
Diese Spannung könnte man z.B. über den ADC des MC einlesen. Allerdings müsstest Du Deinen Code dann dahingehend ändern, dass der Prozessor noch etwas anderes tun kann. Die Zählschleifen kann man mit einem Timer umgehen, der zählt dann ohne Beteiligung des Prozessors, der für andere Aufgaben frei wird.