Also ich habe gerade mal auf mein Kubuntu 12.04 Lighttpd, php5, sqlite und owncloud installiert. Owncloud ist echt schick!

Als kleine ergänzung für Lighttpd:

Directory listing unterbinden:
$HTTP["url"] =~ "^/($|/)" {
dir-listing.activate = "disable"
}
Verzeichniss sperren: (Lighttpd kennt kein .htaccess)
$HTTP["url"] =~ "^/owncloud/data/" {
url.access-deny = ("")
}
Die beiden Sachen muss man in die /etc/lighttpd/lighttpd.conf schreiben. Einfach ganz am ende anhängen. Das sind zwei notwendige Schritte wenn man Owncloud verwenden möchte.