Ahjaja..
zum einen würde ich den php-code vor die Form setzen, dann kannst die die Checkboxen direkt entsprechend dem aktuellen Hardwarestatus darstellen..

Du hast 2 submit Buttons, ich bin mir gerade nicht wirklich sicher ob deren name mit im post ist, selbst wenn, würde ich in name-Feldern keine Leerzeichen oder '_', höchstens '-' verwenden (Alte Angewohnheit, glaub ich hab mal gelesen dass CSS mit underscores n problem hatte).
Code:
<input type="Submit" name="IO abfragen" value="I/O Status">
<input type="Submit" name="IO setzen" value="I/O setzen">
Ausserdem braucht es nach dem if kein ';'
Mach mal...
Code:
    if (isset($_REQUEST['IO setzen'])) {
echo "IO setzen = ok";
}
if (isset($_REQUEST['IO abfragen'])) {
echo "IO abfragen = ok";
}
..um zu sehen ob die if-Bedinung überhaupt ausgeführt wird..und falls es nicht klappt versuch es mit geänderten name Feldern z.B. 'io-setzen'

Du verwendest kein WirngPi? Hat dein www-data user Rechte auf den GPIO files?