Ich bin gestern nicht mehr zu viel gekommen wegen dem shell_exec und php zeugs..
Aber auf den ersten Blick..

- Du hast bei der Checkbox in value eine 1, da musst du darauf achten dass es nicht bedeutet dass sie 'gecheckt' ist. Aber das glaub ich weisst du eh.
- Mit GPIO[] wird die Uebergabe ein Array, in deiner php behandelst du es nur als normale Variable.. echo $check; wird dir glaub ich nur die Zeichenkette "Array" ausgeben.