Dann würde ich, falls möglich, noch versuchen die Stromspitzen zu verringern durch z.B. die PWM für Motoren glättende LC Tiefpässe. Es ist auch möglich, das die Störungen sich an den steuernden µC per Versorgungsspannung (VCC) übertragen, dann sollte eine Diode (für geringen Spannungsabfall Schottky) dagegen helfen (siehe Skizze).
Code:

                       D

      Antrieb  <-----+->|-+-----> µC
     (Motoren)       |    |+
                     -   ===
               Akku ---  /-\
                     |    |
                    ===  ===
                    GND  GND

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