Hast du den Quarz richtig eingestellt?

Setzt du den Timer auch wieder zurück nachdem der ISR aufgerufen wurde?
Du musst noch ins Register TCCR1B das Bit CTC aktivieren -> Clear Timer on Compare Match -> Rücksetzen nach Abgleich

Wahrscheinlich zählt der Timer 1 mal richtig und dann zählt er immer die vollen 65535 Schritte durch
Also ca so:
Timerwert: 0...........15625 *INTERRUPT* ..............65535 - 0 ........ 15625 *INTERRUPT* ...........65535 - 0 .........15625 *INTERRUPT*.... ->
Zeiterlauf: 0s.................1s............................. ...................................4,2s........... ............................................8,4s.. ................. ->
Variable:...0....................1................ .................................................. 2................................................. ...........3.................... ->