Nun es gibt verschiedene Debug-Schnittstellen bei ATMEL. Da wäre PDI, DebugWire und JTAG. der JTAG-ICE unterstützt wie man dem Namen entnehmen kann JTAG. Mit der JTAG-Schnittstelle ist möglich Breakpoints zu setzen und das Programm sozusagen "live" zu verfolgen, während es auf dem Target läuft. Ist allerdings kein Allheilmittel und unter ungünstigen Umständen bringt es auch nichts.

Zum Programmieren und Flashen reicht der normale mkII aus.