Der Pin Avcc sollte nur den Kondensator bekommen, keine Verbindung an die 3,3 V. Wenn man AVcc als Ref. haben will, geht das in Software.

Die LEDs sollte man nicht gerade an PORTA legen - der Strom geht dann über die Pins AVCC oder AGND und kann den AD Wandler stören. Da sind genügend andere Pins frei. Mit etwas weniger Strom, was bei leidlich effektiven LEDs eher kein Problem ist, geht es auch ohne Transistoren. Nur bei der grünen LED muss man ggf. aufpassen: die neueren GaN basierten (blau-)grünen LEDs haben eine relativ hohe Spannung (ca. 3 V). Die älteren gelbgrünen sind von der Spannung kein Problem, aber relativ dunkel und nicht so gut von gelb zu unterscheiden.

Beim 3,3 V Regler müsste man ggf. noch klären, ob der Regler den großen Elko verträgt, oder ob man da noch eine Diode oder so braucht.

Die Spannungsteiler für die analogen Signale könnten einiges hochohmiger sein, und AD7 könnte einen Widerstand als Schutz gebrauchen. Der Teiler für die 5 V kommt nicht ganz hin - da kommen etwas mehr als 3,3 V raus - auch hier sollte der Teiler Hochohmiger sein, als Schutz für den AD-Eingang.

Die Lage für den ISP Stecker ist sehr ungünstig - wenn man den unten rechts hinlegt, könnte man mit einer einseitigen Platine mit ein ganz paar Drahtbrücken auskommen. Auch die roten Leitungen zu den Widerständen könnte man wohl vermeiden und da die Widerstände hinlegen.