Der Shunt sollte noch einiges kleiner werden, also eher so 0,1 Ohm oder ggf. auch 0,02 Ohm. Die Spannung am Shunt ist zwar negativ, aber mit einem invertierenden Verstärker mit einen OP lässt sich die Spannung so verstärken das eine Positive Spannung, passend für den AD Wandler heraus kommt. Dem invertierenden Verstärker macht es nichts wenn die Eingangsspannung negativer ist als die Versorgung des Verstärkers. Man muss nur beim OP einen wählen der wenigstens bis zur negativen Spannung funktioniert (Single Supply oder Rail-Rail), das ist aber keine so große Hürde.