Genau diese Erfahrung habe ich auch gemacht. Ich benutze den Progammer myAVR SmartUSB Light, der grundsätzlich unter Windows und Linux einwandfrei funktioniert. Im AVR Studio 5.0 kann man die Spannung des Zielsystems auslesen, was über diesen Programmer nicht möglich ist. Mit AVR Studio 5.1 hat sich die Sache dahingehend verschlimmert, dass bei jedem Verbinden zu Zielsystem automatisch versucht wird die Spannung auszulesen und man muss jedesmal die Fehlermeldung quittieren.
Daher würde ich dir zu dem offiziellen Programmer raten: AVRISP mkII
Zu der Kompatibilität mit Windows 7 64bit kann ich dir aber nichts sagen.
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