Es macht auch einen Unterschied um welche Leitung es geht. Bei CLK und MISO (am AVR) geht es in der Regel darum das der SPI-bus kleine HF Störungen durch Reflexionen usw. verursacht. Da sind die 200 Ohm OK, ggf. auch weniger, denn da hängen am SPI Bus in der Regel nur Eingänge. Es ist dann eher die Frage wie gut der SPI Bus (besonders die CLK Leitung) funktioniert. Wenn die Leitungen nicht zu lang sind können die Widerstände auch gut wegfallen.

Bei MOSI wird am SPI Bus in der Regel ein Ausgang hängen. Da soll der Widerstand dafür sorgen das der Programmer den SPI Bus überstimmt und kräftiger ist. Da sind die 200 Ohm schon reichlich klein. Das kann der AVR vielleicht noch Treiben (25 mA bei 5 V), aber die externen Geräte und ISP Programmer sind oft schwächer. Realistischer sind da eher 5 mA und entsprechend ca. 1 kOhm. Das ist auch in der Regel noch niederohmig genug um ein Signal drüber (zum AVR) zu schicken - die Leitung ist bei weitem nicht so kritisch wie CLK. Unter 470 Ohm würde ich nicht gehen, wenn es dafür keinen speziellen Grund gibt.

Einen Offiziellen Hinweis von Atmel kenne ich da auch nicht. Ggf gibt der Plan vom Butterfly einen Anhaltspunkt.