Ich kenne mich jetzt mit PuTTY nicht aus, als Terminalprogramm kann ich dir HTerm sehr empfehlen, da hat man sozusagen die Vollmacht über seine Schnittstelle einfach mal danach googlen

Mit HTerm kann man nicht nur ASCII Zeichen Senden, wie bei anderen Terminalprogrammen, sondern auch Hexadezimal, Dezimal, Binär usw.

Man könnte also immer zwei Zahlen senden, eine ist die Nummer der Variable und die zweite der Inhalt.
Im Programm des AVR kann man dann abfragen:

If ersteZahl = 1 then
'Inhalt in die erste Variable schreiben
Variable1 = zweiteZahl
elseif ....
(Pseudocode)

Man würde dann per UART die beiden Zahlen "ersteZahl" und "zweiteZahl" einlesen, und dann entscheiden, welche Variable, (im Bsp. Variable1) jetzt "adressiert" wurde oder so. Bei diesem Beispiel handelt es sich um Bytevariablen, weil bei UART imm er ein Byte nach dem anderen gesentet wird, wenn man beispielsweise eine 32bit Zahl übertragen möchte, müsste man halt tricksen.
Ist jetzt natürlich nur ein minimalistisches Beispiel aber so vom Prinzip her macht man das ja so

Mfg Thegon