Den Pin AVCC muss man in jedem Fall versorgen. Es sind nur Ausnahmefälle, außerhalb der Spezification das der µC noch läuft ohne.

Wie man die anderen Pins von Port A konfiguriert ist relativ egal - den als ADC Eingang benutzten sollte man als Eingang, ohne Pullup einstellen. Je nach µC sollte man auch noch den Digitalen Eingang für den Pin ausschalten - das ist aber kein muss, sondern nur eine Empfehlung für weniger Störungen und weniger Stromverbrauch.