Also Pinbelegung sollte wie folgt aussehen

Pin PDI XMega
1 DATA Pin89
2 3V3 VCC
3 NC
4 NC
5 CLK Pin90
6 GND GND

Passt also soweit. Sind alle Anschlüsse des XMega bzgl VCC und GND angeschlossen ? Hast du nicht einen mkII ? Hast du den mal getestet ?