Hallo.

Ich würde zu einem Riemen- oder Kettenantrieb tendieren. Allerdings ist es da die Frage wie genau deine Wiederholgenauigkeit bzgl. der Position sein muss. Du musst immer bedenken, dass du bei diesen Übertragungsformen ein leichtes Spiel in den Komponenten hast.
Den Motor in ein Loch in der Welle zu stecken, ist am genauesten, jedoch würde ich das nur mit einer Drehbank machen, weil sonst das ganze System ordentlich unrund läuft.

LG Marco