Also bei mir läuft das AVR Studio auf 64 Bit auch problemlos. Ich weiß nicht hast du beim download auch darauf geachtet das du auch die 64-Bit Version runterlädst (weiß gerade nicht ob es sowas für AVR-Studio gibt, aber manche Programme gibt es als 32 und 64-Bit Version).
Zum Thema LPT kann ich dir leider keine Infos geben. Ich benutze fast ausschließlich nur noch USB (ist einfach praktischer wie ich finde, weil man da auch schon eine Spannungsversorgung drin hat ).