Die Taktleitung kann man noch etwas kürzen, wenn der Taktgeber weiter unten ist. Das größere Problem beim Taktgeber ist die Lage des Abblockkondensators und Zuführung der Versorgungsspannung. Die Quarzoszillatoren gehören zu den Teilen die mit am meisten Störungen verursachen.
Der Kondensator sollte da so kurz wie Möglich zwischen GND und VCC des Oszillors liegen. Die Versorgung geht dann zum Kondensator, nicht gleich zum Oszillator.

Die Schalter wären besser gegen GND zu schalten, denn das IC hat interne Pullup Widerstände, keine internen Pull-Down.
Der Spannungsregler kann eigentlich auch gleich mit auf die Platine - so viel Platz ist da eigentlich noch. Man braucht im Prinzip auch nur einen Regler (z.B. LM317), den man in der Spannung umschalten kann. Hinter den 7805 muss kein so großer Elko.