Die 100nF Kondensatoren am Mega etwas weiter nach innen. Falls du vorhast den Mega zu sockeln, wird er an der Stelle das Plastik des Sockels haben. Manche Sockel haben in der Mitte nochmals ein Steg, prüfe somit mal deine Sockelabmaße. Eventuell musst du die Kondensatoren etwas versetzten.
Genau so kannst du die Kondensatoren des Quarzes setzten, Platz hast du. Auf meinem Lochraster Board hab ich das auch so gemacht.

Wenn du durch die obere Buchse ungeregelte Spannung einspeisen willst, und du hast schon den Spannungsregler unten schon bestückt, wird das ein Problem, denn Spannungsregler mögen es nicht wenn sie vom Ausgang aus versorgt werden.

Spannungregler mit der Fahne zum Rand oder hinter der Fahne platz lassen um einen möglichen Kühlkörper anzubringen, bzw das auch ohne Kühlkörper genug Luft drum rum kann. Deine Elkos sind da etwas im Weg.

Stell dir vor du wärst die "Masse" das "Minus" und du möchtest auf kürzestem Weg zu dem Verbraucher fließen der die Masse nötig hat, Pin 31 GND hat den längsten Weg in deiner Schaltung. Also lieber eine Lötbrücke einplanen und eine gute Masseverbindung schaffen.
Brücken sehen zwar im Layout häßlich aus, doch lieber Brücken als ein Leiterbahnlabyrint nur um keine Brücken zu legen.

Tip: Platzier die Pullups und alle anderen Bauteile einer Standardbeschaltung, denn dein Board ist ein EvalBoard, auf dem willst du lernen, also dimensionier großzügiger. Falls du eine Serie fahren willst, dann wirst schon auf einige Sachen verzichten können, aber so ...

Mit persöhnlich fehlt noch ein ISP Stecker, damit ich das Ding auch programmieren kann wenn alles verbunden ist und ich den µC nicht rausziehen muss.