Avrdude hat (oder hatte mal) als Standard die Einstellung, dass er zuerst die Fuses ausliest, dann programmiert, dann die Fuses nochmal ausliest. Wenn sie sich während des programmierens geändert hatten, schreibt er die alten wieder rein.
Ich hatte mal mehrere Controller am SPI hängen und hatte mit ISP (usbasp) programmiert, ohne die Leitung mit Widerständen abzusichern.
Dann geschah folgendes: Während avrdude die Fuses auslas, schrieb ein anderer Controller gerade etwas auf den Bus. Beim rücklesen warens dann die angeblich falschen und wurden zurückgesetzt...
Als Effekt lief der Controller mit dem internen 1MHz Quarz statt dem externen 16MHz. Alles halbsoschlimm, wenn die Fuses nicht zufällig die ISP Programmierung abschalten... War aber trotzdem blöd, weil es 1std vorm Wettbewerb war und ich 45min brauchte, um den Fehrler zu finden...

Gruß, Yaro